La disbiosis intestinal implica un desorden de la microbiota intestinal normal. Este desequilibrio puede ser cuantitativo, porque perdemos unas bacterias y crecen otras por encima de su rango de normalidad, pero también puede ser un desorden cualitativo/funcional, cuando se altera la actividad de los microbios
El mantenimiento de un equilibrio saludable requiere estabilidad de los diferentes microorganismos entre sí y de ellos con el medio intestinal en el que viven.
La causa u origen de la disbiosis es siempre acumulativa en el tiempo y siempre multifactorial, siendo de especial importancia la dieta, la toma indiscriminada y crónica de determinados fármacos, el estrés, el sedentarismo, los desórdenes de sueño, el envejecimiento, etc.